Biyogaz içindeki hidrojen sülfür gazının (H₂S), prosese ve proses ekipmanlarına verdiği zararı engellemek adına kullanılan yöntemlerden biri biyogazın kimyasal ile yıkanması yöntemidir. Kimyasal desülfürizasyon sistemi adı verilen bu yöntemde biyogaz, içi özel dolgu malzemesi ile dolu olan kulelerden geçirilir. Geçiş esnasında hidrojen sülfür ile tepkimeye girecek kimyasal ile teması sağlanır. Tepkime sırasında faz değiştiren hidrojen sülfür suya
Kimyasal desülfürizasyon sistem dizaynı için; biyogaz içindeki hidrojen sülfür değeri, gaz debisi, yıkama sonrası istenen hidrojen sülfür miktarı gibi bilgiler kritiktir. Kimyasal desülfürizasyon yönteminde, biyolojik desülfürizasyon sisteminden farklı olarak kule içerisine oksijen verilmez. Böylelikle biyogaz kalorifik değerinde düşüş yaşanmaz. Değişken debilerde çalışıldığında hidrojen sülfür değerlerinde salınım olmasına izin verilmez. Planlı veya plansız duruşlar sonrasında kimyasal desülfürizasyon sistemi kaldığı yerden hidrojen sülfür arıtmaya devam eder. İlk yatırım maliyeti biyolojik desülfürizasyon sistemine göre daha düşüktür.
